Von dem langgestreckten, nach Osten gerichteten Bau sind die Außenmauern bis auf die Westwand erhalten. Die Kirchenruine weist zusammen mit dem dreiseitig schließenden Chor eine Länge von 45 Metern und eine Breite von über zehn Metern auf. Die nördliche Längsseite besitzt neun spitzbogige Fenster, die südliche deren sechs, während der Chor mit drei ebensolchen Fenstern versehen ist. In der Westwand, die mit einem Flügel des Klosters verbunden war, wird ein großes Rundfenster angenommen.

Im Innern sind noch die Nischen erkennbar, in denen sich die Beichtstühle befanden. In der Südwand folgt die Kreuzgangstür. Die Existenz des Kreuzgangs ist durch die Löcher der Deckenbalken und Dachsparren nachweisbar. An der Nordseite nahm eine Empore drei Achsen ein. Unter ihr befand sich eine Gruft, wie drei verschieden gestaltete Türen und Lüftungsöffnungen zeigen. Die flachen Wandpilaster, die hohen Profilkonsolen im Chor und die Pilasterstreifen über der Empore geben Aufschluss darüber, dass die Kirche kreuzgewölbt war.

Von der ehemaligen Ausstattung kam ein Muttergottes-Altar in die Pfarrkirche St. Hilarius zu Ediger-Eller. Der sechsseitige Stuhl einer Holzkanzel fand als Kanzel in der Schlosskapelle der Familie von Liebig in Kobern-Gondorf Verwendung.

Zu den weiteren Ausstattungsstücken gehörten unter anderem ein Steinaltar aus dem 17. Jahrhundert mit einer Darstellung der Krönung Mariens, eine seltene schmiedeeiserne Kanzel von 1663, die 1874 in die Burgkapelle der Reichsburg Cochem kam, eine Bildsäule des hl. Nikolaus, die schon erwähnten Beichtstühle sowie Kruzifixe, Leuchter, Monstranzen und andere sakrale Gegenstände.

vor 1137: Der adelige Grundbesitzer Egelolf vermachte dem Kloster Springiersbach u. a. sein Burghaus, Weingärten und einen Teil seiner sonstigen Besitzungen, um dort ein Kloster zu Ehren des heiligen Nikolaus zu errichten. Dies war der Wunsch seiner Tochter Gisela, die Nonne werden sollte. Sie wurde erste Meisterin (Äbtissin) des Klosters.

Kloster Stuben stand also immer unter der Aufsicht des Klosters Springiersbach, welches 1107 gegründet wurde. Der Gottesdienst und die übrige Seelsorge versah ein Prior aus Springiersbach, so zum Beispiel 1677 der Prior Johann Scheidt aus Ediger, der sein Vermögen dem Kloster Stuben schenkte.

1137: Der Erzbischof und Kurfürst Albero von Trier bestätigte die o.g. Schenkung. Abt Richard II. von Springiersbach vollendete die angefangenen Bauten und errichtete außerdem die Kirche. Die Zahl der aufzunehmenden adeligen Jungfrauen und Witwen sollte 100 nicht überschreiten. Die Nonnen bezeichneten sich als „ sorores de insula beati Nicolai in Stuppa“, dies bedeutet: Schwestern auf der Sankt-Nikolaus-Insel in Stuben. Ein Arm der Mosel floss nämlich am Stubener Wald vorbei, so dass das Kloster in der Tat auf einer Insel stand.

Geweiht war das Kloster dem hl. Nikolaus. Die Schwestern lebten nach der Regel des hl. Augustinus. Sie trugen ein weißes Kleid mit großem weißen Kragen, einen schwarzen Mantel, einen schwarzen Schleier und einen Rosenkranz am Gürtel. Erzbischof Albero schenkte 1140 dem Kloster die Kirche zu Neef. 1184 kam der Hof Lösnich hinzu. Weitere Schenkungen machten die Erzbischöfe Hillin von Fallemaigne (Januar 1152, † 23. Oktober 1169), Arnold I. (1169, † 25. Mai 1183) und Johann I. (1190, † 15. Juli 1212).

1204: Ritter Heinrich von Ulmen nahm am vierten Kreuzzug teil und erbeutete aus der Hagia Sophia in Konstantinopel ein wertvolles Sanktuarium (Heiligtum) in Form des griechischen Doppelkreuzes mit Partikeln des heiligen Kreuzes, ein Meisterwerk aus der Mitte des 10.Jh.. Es stellte das Siegeskreuz der byzantinischen Kaiser Konstantin VII., Porphyrogenitus und Romanus II. dar. Diese wertvolle Reliquie schenkte der o. g. Kreuzritter 1208 dem Kloster Stuben. Die Reliquie wurde in einer besonderen Kapelle aufbewahrt und verehrt, für deren Neubau Erzbischof von Trier Heinrich von Vinstingen (Kurfürst August 1260, † 26. April 1286) im Jahre 1275 ein Ablassprivileg erteilte.

Ab sofort galt das griechische Doppelkreuz als Symbol des Klosters und findet sich noch heute auf den Grenzsteinen ehemaliger Stubener Besitzungen. Dieses Doppelkreuz ist aber auch Bestandteil des Wappens der Gemeinde Bremm.

1352: Der Kurfürst und Erzbischof von Trier, Balduin von Luxemburg (* 1285, Kurfürst 7. Dezember 1307, † 21. Januar 1354) setzte auf Bitten der Meisterin die Zahl der Nonnen auf 40, später auf 30 herab aufgrund andauernder Missernten und der immer schwieriger werdenden finanziellen Situation des Klosters.

1512: Kaiser Maximilian I. übernachtete im Kloster auf seiner Reise zum Reichstag in Trier.

1530: Der Erzbischof und Kurfürst Richard von Greiffenklau zu Trier lockerte die strengen Fast- und Abstinenztage sowie Kleidervorschriften für die Klosterfrauen von Stuben.

1685: Der Trierer Erzbischof Johanns Hugo genehmigte den Abbruch der mittlerweile baufälligen Kirche mit der Kreuzkapelle und bewilligte einen spätgotischen Neubau. Die Ruine dieser Klosterkirche ist als einziges Gebäude bis heute erhalten. Der langgestreckte Bau dieser Kirche ist genau geostet, die Westwand fehlt heute an der Ruine, im Lichten misst die Ruine eine Breite von 10,40 Meter und eine Länge von 45 Meter (mit Chorschluss).

1687: Der Weihbischof Johann Philip Burkhardt weihte diesen Neubau ein.

Um 1780 lockerten sich die strengen Sitten im Kloster trotz des Eingreifens des vorgesetzten Abtes von Springiersbach.

1789: Kurfürst Clemens Wenzeslaus von Trier wandelte daher das Kloster in eine freies weltliches Damenstift um. Somit waren die Nonnen nicht mehr zur Residenz im Kloster verpflichtet. Der Konvent bestand zu diesem Zeitpunkt aus einer Äbtissin, sechs Kapitularinnen, zwei Extra-Kapitularinnen, drei Pensionärinnen, einem Kellner (Verwalter), einem Küster und einem Pförtner. Das Stift wurde fortan unter die Verwaltung des Geistlichen Rates Arnoldy gestellt. Nach der Umwandlung stand dem Stift keine Äbtissin mehr vor.

1794: Beim Einrücken der Franzosen mussten die Stifsdamen auf das rechte Rheinufer flüchten. Das Stift wurde aufgehoben, das Land verpachtet und die Gebäude auf Abbruch verkauft.

1815: Da auf Beschluss des Wiener Kongresses die Rheinprovinz an Preußen fiel, wurde nun das ehemalige Stift in eine staatliche Domäne umgewandelt, im Jahre 1820 kam es sogar zur Versteigerung dieser Domäne an die Nachbarorte Bremm, Ediger und Eller. Die letzten Pächter waren Johann Peter Friedrichs und Peter Bartholomäus Gietzen aus Eller. 1824 lief die Pachtzeit aus.

seit 1927: An den Fensterbänken und Fensterstürzen sowie an den Ausbruchstellen und an der Mauerkrone der Ruine wurden bis heute mehrfache Sicherungsarbeiten ausgeführt. Erhaltenswert erschien die Ruine weniger aufgrund ihres architektonischen Wertes als vielmehr wegen der geschichtlichen Bedeutung des Klosters. Das Gelände gehört heute der Gemeinde Bremm, die Ruine der Kirche befindet sich im Besitz dreier Bremmer Familien.

2001: Im Rahmen des Calmont - Kloster Stuben - Petersberg - Projektes wurden notwendige Sicherungs- und Restaurierungsarbeiten an der Kirchenruine durchgeführt. Gleichzeitig fanden archäologische Ausgrabungen an der Klosterkirche statt, bei denen die Grundmauerreste der ursprünglichen Raumaufteilung innerhalb der Kirche wieder zum Vorschein kamen. Auch Fundamente einiger Vorgängerbauten aus vorklösterlicher Zeit wurden gefunden.

2004: An der Südseite der Klosterkirche wurden die ehemalige Kreuzkapelle, in der etwa 580 Jahre lang die Staurothek aufbewahrt und verehrt wurde, und der Kreuzgang des Konvents vom Schutt befreit.

2005: Unter den Trümmerresten wurden die Grundmauern der ehemaligen Schmiede, die wohl zeitweise als Küche diente, ein Waschhaus sowie ein Treppenhaus gefunden. Desweiteren stellte man fest, dass ein Teil der Kellergewölbe wohl noch in Takt ist.